Análisis e interpretación de datos 'ómicos'

COORDINADOR: Gonzalo Gómez López (CNIO)

Esta asignatura presenta una visión actualizada del campo de las multi-ómicas (genómica, transcriptómica, epidenómica, etc.) desde la perspectiva bioinformática aplicada al área de la salud. Está especialmente enfocada en el contexto de las tecnologías de secuenciación masiva y sus implicaciones metodológicas y analíticas en bioinformática. Los estudiantes reciben formación teórico-práctica acerca de los métodos y herramientas que se emplean actualmente para el manejo de conjuntos de datos procedentes de estas tecnologías. Además, exploran y trabajan en el aula con datos multi-ómicos obtenidos de bases de datos públicas. La evaluación de la asignatura se efectúa mediante examen teórico y trabajos prácticos con datos reales.

PROGRAMA

Tema 1. Introducción a las técnicas de secuenciación masiva
Tema 2. Alineadores y formatos de los datos
Tema 3. Mutaciones I – Identificación de variantes
Tema 4. Herramientas y BBDD genómico-médicas
Tema 5. Mutaciones II – Anotación y filtrado de variantes
Tema 6. Mutaciones III – Interpretación de variantes genómicas
Tema 7. Mutaciones IV – Interpretación en la clínica
Tema 8. Análisis de SNPs y estudios de asociación (GWAS)
Tema 9. Epidemiología molecular
Tema 10. Análisis de variantes estructurales (CNVs)
Tema 11. Análisis de genomas completos (WGS)
Tema 12. Introducción al análisis transcriptómico
Tema 13. Expresión diferencial
Tema 14. Análisis de RNA-seq
Tema 15. Clustering y predictores
Tema 16. Interpretación funcional de datos ‘ómicos’
Tema 17. Interpretación funcional avanzada I: Grupos de genes (GSEA)
Tema 18. Interpretación avanzada II: Análisis de redes
Tema 19. Bioinformática aplicada a microbiología clínica
Tema 20. Análisis de microbiomas
Tema 21. Análisis de datos ‘single-cell‘
Tema 22. Epigenómica
Tema 23. Nutrigenómica