Esta asignatura presenta una visión actualizada del campo de las multi-ómicas (genómica, transcriptómica, epigenómica, etc.) desde la perspectiva bioinformática y aplicada al área de la salud. Está especialmente enfocada en el contexto de las tecnologías de secuenciación masiva y sus implicaciones metodológicas y analíticas en bioinformática. Los estudiantes reciben formación teórico-práctica acerca de los métodos y herramientas que se emplean actualmente para el manejo de conjuntos de datos procedentes de estas tecnologías. Además, exploran y trabajan en el aula con datos multi-ómicos obtenidos de bases de datos públicas. La evaluación de la asignatura se efectúa mediante examen teórico y trabajos prácticos con datos reales.

PROGRAMA

Tema 1. Introducción a las técnicas de secuenciación masiva.
Tema 2. SNVs I: Introducción, alineadores y formatos de los datos.
Tema 3. SNVs II: Control de calidad, detección e identificación de variantes.
Tema 4. SNVs III: Anotación y filtrado de variantes.
Tema 5. SNVs IV: Análisis e interpretación de variantes somáticas.
Tema 6. SNVs V: Análisis de variantes germinales.
Tema 7.SNVs VI: Interpretación, herramientas y BBDD genómico-médicas.
Tema 8. SNVs VII: Interpretación de SNVs en la clínica. Casos prácticos.
Tema 9. SNVs VIII: Firmas mutacionales.
Tema 10. Análisis de SNPs y estudios de asociación (GWAS).
Tema 11. Epidemiología molecular.
Tema 12. Análisis de variantes genómicas estructurales.
Tema 13. Análisis de genomas completos (WGS).
Tema 14. Introducción al análisis transcriptómico.
Tema 15. Análisis de RNA-seq.
Tema 16. Análisis de expresión génica diferencial.
Tema 17. Clustering y predictores.
Tema 18. Interpretación funcional de datos ‘ómicos’.
Tema 19. Interpretación funcional avanzada I: Grupos de genes (GSEA).
Tema 20. Interpretación funcional avanzada II: Análisis de redes.
Tema 21. Análisis de datos ‘single-cell‘.
Tema 22. Proteómica.
Tema 23. Epigenómica.
Tema 24. Integración de datos multi-ómicos.
Tema 25. Análisis de microbiomas.
Tema 26. Bioinformática y microbiología clínica.
Tema 27. Nutrigenómica.
Tema 28. Análisis de imagen biomédica.